Bidhaa

Uchanganuzi wa matukio ya phosphorylation ya proteome-pana bado ni changamoto kuu ya uchambuzi kwa sababu ya utata mkubwa wa mitandao ya fosforasi ya protini.Katika kazi hii, tunatathmini utimilifu wa Lys-N, Lys-C, na trypsin kuhusiana na uwezo wao wa kuchangia uchanganuzi wa kimataifa wa phosphoproteome.Toleo lililoboreshwa la ubadilishanaji wa sauti wenye nguvu ya chini ya pH lilitumika kutenganisha kwa ufasaha N-terminally acetylated, phosphorylated, na peptidi zisizobadilishwa.Jumla ya phosphopeptidi zisizohitajika 5036 zinaweza kutambuliwa kwa kiwango cha ugunduzi wa uwongo cha <1% kutoka kwa 1 mg ya protini kwa kutumia mchanganyiko wa vimeng'enya vitatu.Data yetu ilifichua kuwa mwingiliano kati ya seti za data za phosphopeptidi zinazozalishwa kwa proteasi tofauti ulikuwa mdogo, ilhali mwingiliano kati ya seti mbili za data za tryptic zinazozalishwa kwa njia sawa zilionekana kuwa angalau mara 4 zaidi.Kwa njia hii, matumizi sambamba ya Lys-N na trypsin yaliwezesha ongezeko la 72% la idadi ya phosphopeptidi zilizogunduliwa ikilinganishwa d na trypsin pekee, ambapo jaribio la nakala ya trypsin lilisababisha ongezeko la 25%.Kwa hivyo, wakati wa kuzingatia tu data ya trypsin na Lys-N, tuligundua phosphopeptidi zisizohitajika 4671.Uchambuzi zaidi wa tovuti zilizogunduliwa ulionyesha kuwa seti za data za Lys-N na trypsin zilirutubishwa katika motifu tofauti za fosforasi, ikithibitisha zaidi kwamba mbinu za multiprotease ni muhimu sana katika uchanganuzi wa phosphoproteome.